Budoucnost našich denních motýlů je nejistá: výsledky síťového mapování z roku 2002 ukazují, že z našich 161 druhů jich vyhynulo osmnáct, tedy 11 procent, a dalším šestnácti druhům (9,9 %) se natolik zmenšily areály rozšíření, že prakticky vymírají. V různém stupni ohrožení pak je 73 druhů, tedy polovina z dosud přežívajících 143 druhů. Celkový počet vyhynulých a ohrožených druhů pak dosahuje plných 56,5 procent.
Mezi vyhynulé druhy patří známý jasoň červenooký, mokřadní ohniváček rdesnový, žluťásek úzkolemý vázaný na krátkostébelné stepi, obyvatel světlých lesů bělopásek hrachorový, či nenápadný a málo známý okáč středomořský, který kdysi obýval písčiny jihovýchodní Moravy. Mezi kriticky ohrožené druhy patří atrkaktivní žluťásek barvoměnný, který kdysi žil na většině území státu a dnes přežívá jen v Bílých Karpatech, stepní klenot modrásek ligrusový, modrásek černoskvrnný známý svým soužitím s mravenci, hnědásek osikový vázaný na pařezinové hospodaření, teplomilný okáč skalní či rašeliništní okáč stříbrooký.
Podobně jako jinde v Evropě byl hlavní příčinou úbytku motýlů zánik jejich stanovišť, který souvisel s intenzifikací zemědělství a lesnictví. Scelováním pozemků zanikly meze, úhory, květnaté louky, občasně pasené stráně a okraje polních cest. Zemědělské i lesnické meliorace zničily řadu mokřadních stanovišť, nadužívaní insekticidů a chemických hnojiv vytlačilo citlivější druhy motýlů ze zemědělské krajiny. Zánik dříve rozšířeného pařezinového hospodaření a náhrada pařezin stinnými vysokokmennými lesy vyhubil četné světlinové motýly.
Velkou hrozbou pro druhy nelesních stanovišť je zalesňování takzvaně neplodných půd: tomu v minulosti padly za oběť například stanoviště vátých písků, v současnosti je zalesňování největší hrozbou pro motýly vůbec.
Úbytek motýlů ukazuje na obdobně závažné ztráty v jiných, méně populárních skupinách drobných živočichů, pro které nejsou k dispozici tak podrobné údaje o rozšíření v minulosti. I útržkovité poznatky přírodovědců ukazují, že podobně jako denní motýli na tom jsou i některé skupiny nočních motýlů (např. přástevníci, bourovci) pavouci, blanokřídlý hmyz či listorozí brouci. Pouze vědecky podložená ochrana zbývajících stanovišť, a snaha navrátit do krajiny stanoviště dnes již zaniklá, může zabránit bezprecedentnímu úbytku čtvrtiny až poloviny druhové bohatosti naší země.